Een eerste bebouwing, op de plek van het huidige kasteel, was een eenvoudige hoeve met een ommuurde tuin. Omdat deze hoeve erg kwetsbaar was in verband met gewapende overvallen door rondtrekkende bendes, besloot men om een steviger bouwwerk neer te zetten. Dit werd het eerste kasteel van Nieuwenhoven, gebouwd in 1330, speelhof en zomerverblijf voor de abten van de Sint-Trudoabdij. In 1617 werd de hoeve gebouwd en in 1623 het poorthuis, nog steeds behoren deze twee gebouwen tot de oudste op het terrein.
Het prinsbisdom Luik, waartoe ook Sint-Truiden behoorde, werd in 1795 ingelijfd bij Frankrijk, waardoor de Franse revolutie ook gevolgen kreeg voor de eigenaars van Kasteel Nieuwenhoven. Alle kerkelijke eigendommen werden onteigend. Voor het eerst kwam het kasteel toen in handen van een particulier, een aristocraat uit Brussel, genaamd Maximiliaan Frans Niesse.
Een kleindochter van Maximiliaan Frans Niesse trouwde in 1833 met een Engelse baron, Charles de Wettnall. Dit had veel gevolgen voor de inrichting van het kasteel en de omringende landerijen. Alles werd omgetoverd in een Engelse stijl. Een dochter van Charles de Wettnall trouwt in 1873 met een voorvader van de familie De Moffarts. Vanaf die tijd is het landgoed gedurende drie generaties steeds langs vrouwelijke lijn doorgegeven, tot aan de dood in 2004 van laatste barones op het kasteel. Het geheel werd in 2007 aangekocht door bvba Kasteel Nieuwenhoven. Deze bvba zorgt voor het onderhoud, renovatie en verhuur van gebouwen.